Феодосий родился в 424 году в каппадокийском селении Магариссос, в семье набожных и благочестивых родителей Проэзерия и Евлогии. С детских лет Феодосий проявил незаурядные способности, быстро научившись читать, что позволило ему стать певцом в приходской церкви в городе Коман. Но, несмотря на открывающуюся перед ним блестящую карьеру на церковном поприще, он не слишком стремился утвердиться в ней, но с юношеских лет мечтал о пустынной уединенной жизни отшельника. Отнюдь не будучи неудачником и отверженным в миру, он просто избрал для себя другую профессию, к которой влекло его сердце.