Древний город был важным торговым и военно-стратегическим пунктом на протяжении почти всей истории страны. Бейт Шеан расположен в плодородной области на стыке Изреельской и Иорданской долин у реки Харод, что давало возможность контролировать торговый путь из Египта в Заиорданье и Сирию. Название города, по-видимому, происходит от местного языческого бога солнца Шеана или Шана. Место было обитаемо с халколитического периода — 5 тысячелетие до н. э. Название впервые упоминается в египетских текстах 19 в. до н. э. В эпоху еврейского поселения в Ханаане Бейт Шеан вошел в надел Менаше, однако его население оставалось ханаанским. Позже город был захвачен совместным филистимлянско-египетским войском. После смерти Саула и его сыновей в битве на горе Гильбоа, их тела были выставлены на стене городской башни Бейт Шеана.